口腔健康科学専攻（修士課程）のクリニカルコースでは，高度専門的医療人として，より高度化した歯科医療の中で歯科医師と連携し，チーム医療を実践できるOral Health Manager及びOral Engineerを養成するとともに，我が国の研究をリードし口腔健康科学の拠点となるべく各分野の高度な研究教育を展開し，国際的に活躍できる人材の養成を目標とします。
　リサーチコースでは，有資格者だけでなく他学部出身者も対象に，国民の健康の維持増進を目的とし，口腔から全身の健康を維持促進するための口腔健康科学という学術体系を構築すべく，その教育者及び企業・大学における研究者を養成します。

1)　口腔保健の高度専門的医療人の養成（クリニカルコース）
　高度専門的医療人としてOral Health Managerを養成し，高度専門的診療支援において病院，診療所での歯科医療に貢献する。また，少子高齢化に対応した健康増進・地域貢献として在宅診療支援，介護支援，摂食・嚥下リハビリテーション等を行うとともに，行政分野等における口腔保健のリーダーとなる人材を養成します。
　また，口腔工学分野の高度専門的医療人Oral Engineerとして，口腔と顎顔面の形態的，機能的修復，CAD/CAMによるノンメタル修復を行う顎口腔分野の専門技工士，高度歯科医療の現場で他の医療専門職とのチーム医療に参加し，検査，診断を普及するとともに，治療援助，社会復帰支援を行う人材を養成します。
2)　口腔保健学，口腔工学の確立と普及を担う教育者・研究者の養成（リサーチコース）
　国民の健康の維持増進を目的とし，口腔から全身の健康を維持促進する口腔健康科学の教育者・研究者を養成します。
　口腔保健学の教育者・研究者としては，食育の研究，口腔機能と全身の健康との関係の解明，疾病予防や介護予防における新しい健康観に対応した教育研究を行います。
　口腔工学分野の教育者・研究者は，ＩＴを活用した遺伝子工学に基づくオーダーメイド医療，口腔機能分析の高度センサー機器，プログラムの開発やバイオテクノロジーによる顎口腔領域の組織再生医療，生体材料の開発を行います。