纳米设备研究所旨在研发半导体设备的基础技术及相关新学术融合领域，并提供纳米设备领域相关的教育活动。本研究所由"纳米集成科学"、"集成系统科学"、"分子生命信息科学"和"综合医学科学"四个研究部门组成，主要开展半导体器件制造工艺、器件结构和设计技术的研究，以及这些技术的应用领域--人工智能和通信相关研究。此外，本研究所还从事包括生物科学在内的生物综合科学相关研究。

本研究所作为文部科学省认定的联合使用/联合研究中心，正在与东京医科齿科大学、东京工业大学和静冈大学合作推动网络型中心——"生体医齿工学联合研究中心"的建立。生体医齿工学联合研究中心将以生物技术和医疗技术为核心开展融合研究。此外，本研究所大力推动文部科学省的“先进材料研究基础设施项目（ARIM）”，并在"X-nics半导体创生中心形成项目中"中与东京工业大学和丰桥技术科学大学共同组建"综合Green-niX研究和人力资源开发中心"。并且，本中心被经济产业省认定为"J-Innovation HUB区域开放创新中心（国际发展型）"。本中心将通过这些项目为半导体行业的发展和人力资源开发做出贡献。

纳米设备研究所正在招募校内外希望在材料物理/化学、电子/电气/信息和通信工程、以及生物传感和医疗工学领域进行实践研究的研究生。本研究所还招收在职博士生、访问学者、留学生和外国研究人员，研究人员在本研究所学习的同时还能够进行国际活动等广泛的社会交流。