本プログラムは，医薬，食品，環境関連分野などの次世代を担う基盤産業の育成に貢献するため，生命分子及び生命体の機能解明と活用に関する専門知識と技術を身につけた研究者・技術者の養成を目指しています。そのため，生命の仕組みに関する基礎的知識から，最先端の遺伝子・タンパク質・糖質・脂質工学，微生物・動物・植物工学，生物化学工学，生物情報工学，環境バイオテクノロジー，免疫学，醸造工学に至る多彩な分野の知識と技術を体系的かつ有機的に連携して修得できるカリキュラムが組まれています。また，研究者・技術者に要求される論理的思考能力，実験計画遂行能力，データ解析説明能力，課題発見解決能力，実務対応能力を身につけることができます。所定の授業科目を修得すれば，高等学校教諭一種免許状（工業）が授与されます。卒業生は製薬，食品，醸造，環境，化学などの業界や官庁等の公設研究機関に就職して活躍しています。大学院(先端物質科学研究科分子生命機能科学専攻)に進学して，さらに高度な研究と教育を受けることもできます。

本プログラムにおける教養教育は，専門教育を受けるための学問的基盤作りの役割を担い，自主的・自立的態度の尊重，情報収集力・分析力・批判力を基礎にした科学的思考力の養成，ものごとの本質と背景を広い視野から洞察することのできる視座の確立，国際人として生きるにふさわしい語学力と平和に関する関心を強化し，幅広い知識を真に問題解決に役立つ知識体系へと統合するとともに，生物工学のみならず、その枠を超えた学際的・総合的研究を開拓し推進する能力を養成します。