機能開発班では新規機能性成分の探索と作物の生産性強化に関する研究を行っている。現在、人口増加による食料問題や環境問題など対応が必要となる課題は多い。また、わが国では食料自給率の低迷も重要な問題である。これらの問題に対応する上で、作物の収量向上、環境ストレス抵抗性の強化や省エネルギー栽培などが必要となる。そのためには植物の機能開発には植物が持つ多様な生理機能を様々な視点から研究することが重要である。そこで機能開発班は基盤研究班、栄養班およびストレス班と相互に協力しながら、植物の機能改良を目指した応用的研究を中心に行う。
　また植物を物質生産および蓄積の場と考え、ビタミンCをはじめとする機能性物質を多く含む品種（高付加価値化植物）の開発も重要である。機能性物質は植物だけでなく微生物や動物由来の物質も対象であり、それらの新規機能性物質の探索と評価は植物の機能開発や高付加価値化につながってくる。そして植物の高付加価値化を推進するために、植物生産の量的・質的向上に関わる機能性物質を有効活用して、省エネルギー栽培で高付加価値植物の生産を高めることが重要となる。したがって機能開発班では植物生産を基盤としながら、「天然素材からの新規機能性物質の探索・解明・利用」や「植物の機能開発と高付加価値化」を目指す。そのために、「機能性物質の生産」や「機能性有用成分を強化した植物の開発」に関する研究を行う。具体的には、海藻を含む植物および未利用資源を対象とした新規機能性物質の探索と評価、植物における機能性物質の生合成・代謝機構の解明、植物の機能開発と高付加価値化を目的とした機能性物質の有効活用である。また、機能性成分のソースとして有望な海藻を対象に、高付加価値化の推進に資する「海藻由来機能性成分の開発」に向けた研究も行う。