生物圏環境学主専攻プログラムは，6つの教育科目(海洋生態系評価論，水域循環制御論，植物栄養生理学，植物環境分析学，食料生産管理学，食料市場学)に所属する教員により実施され，生物圏における生命の営みとその人間による利用について，生命現象と物質循環を通して総体的に理解するための幅広い教育・研究として行われています。
さらに具体的には，生物圏を構成する次の3つのフィールド，すなわち，陸域の生物生産，とりわけその基本となる植物生産とそれを支える土壌の構造と機能，水域の生物生産とその生態系の構造，食料生産から消費・廃棄にいたる人間の営みとその社会システムについて広く学びながら，研究室配属後は，より具体的対象についての深い理解や研究へと進むことができます。対象となるフィールドに応じて分析手法も異なりますが，物理・化学的手法，生物学的手法，社会経済学的手法についても幅広く身につけることができることも本プログラムの特徴です。
本プログラムを履修することにより，生物圏の総体的理解をふまえ，陸域・水域・人間社会という3つのフィールドについて幅広く学びながら，生物圏における具体的対象について深く学習することができます。

本プログラムにおける教養教育は，専門教育を受けるための学問的基盤作りの役割を担っています。自主的・自立的に学習する態度を習慣づけ，情報収集力・分析力・批判力を基盤とする科学的思考力を養成します。ものごとの本質と背景を広い視野から洞察する力や，国際人として生きるにふさわしい語学力と平和に関する関心を強化します。幅広い知識を，真に問題解決に役立つ「知識体系」へと統合し，総合的な見地からものごとを俯瞰できる能力を養成します。