学部の前身は、広島大学における農学系学部として昭和24年（1949年）に設置された「水畜産学部」です。
それ以来、水産業、畜産業及び食品工業における学理とその応用に関する研究と教育を精力的に推進してきました。

昭和54年（1979年）には、現在のような「1学部・1学科制の生物生産学部」となりました。その理由は、地球的規模での問題解決が迫られている食糧や環境問題に深く取り組むと同時に、生物科学の驚異的な学問的な進歩に対応するためです。 

平成6年（1994年）には、さらなる学問の高度化と社会的要請の多様化に対応した教育を実現するために、それまでの3コース制（水産・畜産・食品）から6 コース制（海洋生物生産学・生物圏機能学・畜産科学・食糧情報管理学・分子細胞生物学・食資源機能学）へと再編しました。

さらに、平成14年度（2002年度）に、生物圏科学研究科の講座化と新たな入試制度や早期卒業制度の導入に対応して、従来よりも基礎的かつ広範な内容が学べる教育カリキュラムにするため、6コース制から5コース制に再編しました。平成18年度からは到達目標型教育プログラムを展開しています。

学部の理念並びに目的に基づき、1年次と2年次前期では、豊かな社会的素養を身につけ、専門科目を学ぶための広い視野に立った基礎知識を養います。2年次後期からは、5つの教育プログラムに分かれ、それぞれの専門領域を中心にした実学的教育を実施しています。