生物圏科学研究科は、3つの専攻（生物資源科学専攻、生物機能開発学専攻、環境循環系制御学専攻）からなり、生物圏の諸問題に対応し、地球と人類の未来を拓く研究を行っています。
各専攻にはそれぞれ博士課程前期（修士）と博士課程後期（博士）があります。

また、研究科附属瀬戸内圏フィールド科学教育研究センターでは、生物圏科学研究科と生物生産学部のフィールドワークを重視した現場対応型、問題解決型の教育を進めています。