博士課程前期

１）研究科および専攻が目的とする食料・環境・応用生命科学分野の高度な専門知識と専門技術を、専攻が編成した講義、演習、実験実習により習得させる。
２）修士論文研究に積極的に取り組むことで、問題の理解と科学的な解決の方策、論理的思考、専門分野の先端的な知識と実験技術、科学倫理を学ばせる。
３）多様な学生が幅広い生物圏科学領域の科目を学ぶことができるように、各講義科目を1単位とし、基礎的科目と高度な水準の科目を編成する。
４）研究成果を国内外の学会等で発表することを推進し、プレゼンテーション能力やコミュニケーション能力を向上させる。
５）外国人特任教員による講義・演習をはじめとし、英語による講義・演習を積極的に取り入れる。

博士課程後期

１）独創的、かつ先端的な博士論文研究に取り組むことで、問題の発見と科学的な解決の方策、論理的思考、専門分野の深い知識と実験技術、科学倫理を学ばせる。
２）自立的に研究の構想、実験の実施、成果のまとめができる力を養い、自ら主体的に研究を展開することを習得させる。
３）研究の成果を国内外の学会や学術誌に発表することを推進し、プレゼンテーション能力と学術論文をまとめる力を高めさせる。

生物資源科学専攻：博士課程前期

生物圏に存在する諸課題、特に陸域及び海域での持続可能な生物生産と生物資源の活用および、それらの流通の過程に関する問題の解決に貢献できる人材を養成するために、必修科目、専攻内授業科目から選択履修する選択必修科目（コア科目）・選択科目および研究科内授業科目（５研究科共通講義を含む）から構成されるカリキュラムを設置する。個々の学生のコースワーク管理は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。
必修科目（１０単位）は、主指導教員・副指導教員の指導のもとで進める特別研究（８単位）と共同セミナー（２単位）から構成される。
選択必修科目（１１単位）の中には、主指導教員指定の演習（２単位）、主指導教員指定の実習（実験/実習）１単位を含む。その他８単位の選択必修科目は主指導教員と学生が協議した上で決定する。
選択科目（９単位）は、研究科内授業科目（５研究科共通講義を含む）から履修する。ただし、他研究科等の科目を５単位まで含めることができる。
修士論文研究は主指導教員の指導により進める。研究計画、途中経過、中間発表、研究成果（修士論文）の記録・管理は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。１年次前半に研究計画発表、２年次前半に中間発表、２年次後半に修士論文発表を行う。

生物資源科学専攻：博士課程後期

生物圏に存在する諸課題、特に陸域及び海域での持続可能な生物生産と生物資源の活用および、それらの流通の過程に関する問題の解決に貢献できる人材を養成するために、必修科目、選択必修科目および選択科目から構成されるカリキュラムを設置する。
必修科目（２単位）は、共同セミナー（２単位）である。
選択必修科目（２単位）は、主指導教員指定の演習（２単位）を含み、２単位を超えて履修した選択必修科目は選択科目の履修単位とすることができる。
選択科目（４単位以上）は、選択科目または研究科内授業科目（博士課程前期開設科目、５研究科共通講義を含む）・他研究科等の科目から、前期の課程で履修しなかった科目を履修する。
博士論文研究は主指導教員の指導により進める。研究の途中経過の記録・管理および博士論文草稿の提出は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。

生物機能開発学専攻：博士課程前期

生物圏に存在する諸課題、特に生物機能の解明とその利用に関する問題の解決に貢献できる人材を養成するために、必修科目、専攻内授業科目から選択履修する選択必修科目（コア科目）・選択科目および研究科内授業科目（５研究科共通講義を含む）から構成されるカリキュラムを設置する。個々の学生のコースワーク管理は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。
必修科目（１０単位）は、主指導教員・副指導教員の指導のもとで進める特別研究（８単位）と共同セミナー（２単位）から構成される。
選択必修科目（１１単位）の中には、主指導教員指定の演習（２単位）、主指導教員指定の実習（実験/実習）１単位を含む。その他８単位の選択必修科目は主指導教員と学生が協議した上で決定する。
選択科目（９単位）は、研究科内授業科目（５研究科共通講義を含む）から履修する。ただし、他研究科等の科目を５単位まで含めることができる。
修士論文研究は主指導教員の指導により進める。研究計画、途中経過、中間発表、研究成果（修士論文）の記録・管理は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。１年次前半に研究計画発表、２年次前半に中間発表、２年次後半に修士論文発表を行う。

生物機能開発学専攻：博士課程後期

生物圏に存在する諸課題、特に生物機能の解明とその利用に関する問題の解決に貢献できる人材を養成するために、必修科目、選択必修科目および選択科目から構成されるカリキュラムを設置する。
必修科目（２単位）は、共同セミナー（２単位）である。
選択必修科目（２単位）は、主指導教員指定の演習（２単位）を含み、２単位を超えて履修した選択必修科目は選択科目の履修単位とすることができる。
選択科目（４単位以上）は、選択科目または研究科内授業科目（博士課程前期開設科目、５研究科共通講義を含む）・他研究科等の科目から、前期の課程で履修しなかった科目を履修する。
博士論文研究は主指導教員の指導により進める。研究の途中経過の記録・管理および博士論文草稿の提出は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。

環境循環系制御学専攻：博士課程前期

生物圏に存在する諸課題、特に生物圏内の循環系の評価・予測・制御に関する問題の解決に貢献できる人材を養成するために、必修科目、専攻内授業科目から選択履修する選択必修科目（コア科目）・
選択科目および研究科内授業科目（５研究科共通講義を含む）から構成されるカリキュラムを設置する。個々の学生のコースワーク管理は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。
必修科目（１０単位）は、主指導教員・副指導教員の指導のもとで進める特別研究（８単位）と共同セミナー（２単位）から構成される。
選択必修科目（１１単位）の中には、主指導教員指定の演習（２単位）、主指導教員指定の実習（実験/実習）１単位を含む。その他８単位の選択必修科目は主指導教員と学生が協議した上で決定する。
選択科目（９単位）は、研究科内授業科目（５研究科共通講義を含む）から履修する。ただし、他研究科等の科目を５単位まで含めることができる。
修士論文研究は主指導教員の指導により進める。研究計画、途中経過、中間発表、研究成果（修士論文）の記録・管理は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。１年次前半に研究計画発表、２年次前半に中間発表、２年次後半に修士論文発表を行う。

環境循環系制御学専攻：博士課程後期

生物圏に存在する諸課題、特に生物圏内の循環系の評価・予測・制御に関する問題の解決に貢献できる人材を養成するために、必修科目、選択必修科目および選択科目から構成されるカリキュラムを設置する。
必修科目（２単位）は、共同セミナー（２単位）である。
選択必修科目（２単位）は、主指導教員指定の演習（２単位）を含み、２単位を超えて履修した選択必修科目は選択科目の履修単位とすることができる。
選択科目（４単位以上）は、選択科目または研究科内授業科目（博士課程前期開設科目、５研究科共通講義を含む）・他研究科等の科目から、前期の課程で履修しなかった科目を履修する。
博士論文研究は主指導教員の指導により進める。研究の途中経過の記録・管理および博士論文草稿の提出は、教育記録システムにより、主・副指導教員の確認のもとで学生が主体的に行う。