| 14-06 |
（廃止）文化交流史比較プロジェクト研究センター |
| 14-10 |
（廃止）活断層プロジェクト研究センター |
| 14-14 |
（廃止）科学わくわくプロジェクト研究センター |
| 14-16 |
（廃止）言語と認知の脳科学プロジェクト研究センター |
| 14-21 |
（廃止）バイオシステム・ダイナミクスプロジェクト研究センター |
| 14-22 |
（廃止）宇宙・地球化学的進化に関する同位体プロジェクト研究センター |
| 15-05 |
（廃止）肝臓プロジェクト研究センター |
| 15-06 |
（廃止）フロンティア微生物研究センター |
| 15-08 |
（廃止）日系移民環境影響医科学プロジェクト研究センター |
| 19-02 |
（廃止）環境シミュレータープロジェクト研究センター |
| 20-01 |
（廃止）環境平和学プロジェクト研究センター |
| 20-04 |
（廃止）細胞のかたちと機能プロジェクト研究センター |
| 21-01 |
（廃止）高機能難加工材の先端加工プロジェクト研究センター |
| 21-03 |
（廃止）臨床評価・予防医学プロジェクト研究センター |
| 21-04 |
（廃止）植物機能―知る・変える・創る―プロジェクト研究センター |
| 22-01 |
（廃止）DHSバイオリアクタープロジェクト研究センター |
| 22-05 |
（廃止）オーラルヘルスプロモーションプロジェクト研究センター |
| 23-01 |
（廃止）環境技術移転プロジェクト研究センター |
| 24-02 |
（廃止）人工ヌクレアーゼプロジェクト研究センター |
| 25-01 |
（廃止）大規模データコンピューティングプロジェクト研究センター |
| 27-01 |
（廃止）東南アジア人材開発プロジェクト研究センター |
| 28-01 |
（廃止）日英欧研究学術交流センター |
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