「公共法政プログラム」，「ビジネス法プログラム」，「グローバル法政プログラム」，「医療アナリストプログラム」の４プログラムがあり，いずれのプログラムも，各履修者は指導･副指導教員の下で，計画的に履修し，論文を作成する。「公共法政プログラム」は公法学，政治学，社会学を中心に構成され，国や地方自治体，さらにはＮＰＯ等の市民活動や民間企業も含んだ「新しい公共管理」の担い手を育てる。「ビジネス法プログラム」は，民事法学を中心として構成され，行政による事前調整から司法による事後救済への移行において必要となる「企業統治と遵法経営」の担い手を育てる。「グローバル法政プログラム」は，国際法・国際関係論を中心に構成され，ヒト・モノ・情報が容易に国境を越えるようになった時代に国際的視野に立つ知見を備えた社会活動の担い手を育てる。「医療アナリストプログラム」は，医事法学，政治学，社会学を中心に構成され，医療者・医療機関等に助言・進言し，また公的機関に政策提言等を行える医療問題のエキスパートを養成する。プログラムに応じて　１．専門的かつ学際的な知識， ２．現代の国内・国際社会がかかえる事例分析，及び社会調査等に関する知見・手法， ３．具体的な社会問題等の解決に向けた事例・現状分析，及び戦略立案目標の策定に関する知見・手法を修得する。

博士課程前期又は修士課程での研究実績を踏まえ，1．さらなる専門知識や分析手法の修得， 2．事例や課題等についての新たな発見・解明， 3．新たな概念設定や理論的視点の提供等により， 高度専門職業人としての能力を持つ者，又は研究者として自立し，高度で先端的，独創的な専門研究能力を涵養する。各履修者は指導･副指導教員の下で中間発表を行い，博士論文を作成する。博士論文提出予定者は学会誌・学術雑誌への投稿や学会報告を行う。

社会経済システム専攻では，上述したディプロマ・ポリシーを実現するために，次の方針のもと教育課程を編成し，実施します。
経済学プログラムは，経済学の基本的知識の修得と，それを基にした経済学各分野の，専門的能力の育成を柱としています。目標を達成するために必要な基礎的科目を講義として提供するとともに，より高度な専門的・実践的科目を修得するための演習・研究指導を提供します。

・ファイナンス分野
入学に際しては，ミクロ経済学，数学（最適化理論），統計学などの予備知識を前提とせず，入学後にこれらの必要な知識を含めて，ポートフォリオ理論，資産価格理論，企業金融・財務などの基礎を修得しながら，実務上日常的に必要とされる問題意識に沿い，計量的な方法論を取り入れた実践力を養成するカリキュラムを編成しています。

・経済分析分野
まず国際的に標準化された経済学の知識を体系的に修得し，また，高度な数量経済分析のために必要とされる統計的，計量経済学的な手法を合わせて修得します。さらに，金融，財政，労働等の分野における経済問題に対して，修得した経済理論的，計量経済学的分析手法を活用した分析を行うことを通じて，経済現象の本質をとらえ，問題を発見し具体的に解決してゆく実践的分析能力を高めていくようにカリキュラムを編成しています。

・公共政策分野
近年の社会科学における最新の学問研究成果（ゲームと情報の経済学，ネットワークの経済学，経済成長理論，医療経済学，国際金融論など）を教育に取り入れ，それらを各種の研究領域（環境，医療，介護，教育，政策協調，国際経済など）を大学院教育に応用することを通じて，最新の研究領域で活躍できる能力を修得できるようにカリキュラムを編成しています。

・比較経済システム分野
比較分析，経済史，様々な経済学派の比較検討を通じて，個々の経済問題や歴史的事象を経済システム全体とのかかわりの中で把握できるよう，カリキュラムを編成しています。

・アナリスト分野
理論を基礎としながら，データ分析や実証分析に必要な計量的な演習を重視し，各分野の専門家向け情報の収集と分析，直面する諸課題の要因と背景の究明と解決への取り組み，さらに，企業レベルのリサーチ・レポートの作成を行い，高度な自立的分析・研究能力を養成するカリキュラムを編成しています。

経済システムや社会システムの直面する様々な問題を，積極的かつ能動的に解決できる能力を修得するため，専門分野の高度な研究指導とともに，周辺分野への理解を深める講義を提供しています。

博士課程前期の教育課程では，コースワークと研究指導の最適な組み合わせを提供している。
コースワークは，マネジメントプログラム（Management Program, MP）とアジアマネジメントプログラム（Asia Management  Program, AMP）の２つの教育プログラムで編成する。
マネジメントプログラムで提供される授業科目は，「組織・経営」「会計・経営情報」「地域・交流」の３分野から成り，指導教員の助言のもとで自らの研究方向に合致した科目を選択して履修する。
アジア地域における日本型マネジメントの実践や研究を担う人材の育成を目的とするアジアマネジメントプログラムでは，マネジメントプログラムの科目に加えて，アジア諸国のマネジメント特性の理解や異文化理解・異文化交渉の促進に資する科目を履修する。
両プログラムに共通の必修科目として，初年度生の研究能力の涵養を目的とする共通科目をおく。 研究指導の面では，主指導１名，副指導２名の教員による共同指導体制の下，専攻共通のプロセスに則って，修士論文または課題研究の作成に向けてシステマティックな指導を実施する。

博士課程後期の教育課程では，中間発表会の実施や論文概要の提出など，３年間で学位論文を作成するために専攻共通の標準的な修了プロセスを設定しており，それに則ってマネジメント特別演習による研究指導を行う。
研究成果の学会報告および学術専門雑誌への論文掲載に向けた指導を通じて，独創的で先端的な学位論文の完成に導く。